مشرف در ۲۰ مهر۷۸ در کودتایی پس از برکناری "نواز شریف" نخست‌وزیر، 9 سال بعنوان رئیس جمهور در پاکستان حکومت کرد.
وی سرانجام در ۱۸ اوت ۲۰۰۸ در یک سخنرانی تلویزیونی، استعفای خود را از ریاست جمهوری پاکستان اعلام کرد. مشرف با دفاع از عملکرد ۹ ساله دولت خود، گفت که به خاطر منافع کشور استفعا می‌دهد و آینده خود را به قضاوت مردم واگذار می‌کند. او نخستین رئیس جمهور پاکستان بود که از این مقام کناره گیری کرد.
مشرف دیروز در مصاحبه های خبری خود اعلام کرده است که به هر ترتیب در انتخابات آتی پاکستان شرکت می کند و از تهدید های طالبان برای جلوگیری از بازگشت به وطنش نمی هراسد.
طالبان اعلام کرده، درصورت بازگشت مشرف به پاکستان با کمک تک تیر انداز های زبده و عاملان انتحاری، وی را خواهد کشت.
پرویز مشرف 4 سال اخیر را در لندن و دوبی سپری کرده است.