دولت محمد مرسی به سبب قرار گرفتن در محور ضد سوری از مدت ها پیش سیاستهای خصمانه ای در قبال دولت سوریه در پیش گرفته بود، در حمایت از گروههای برهم زننده امنیت و ثبات در سوریه، سفارت این کشور را نیز تعطیل کرد.
مرسی در یکی از آخرین فعالیت های دوره ریاست جمهوری خود، چند روز پیش از برکناری در همایش حمایت از تروریست های حاضر در سوریه حضور یافت و سخنرانی کرد.