درگیری داخلی القاعده در سوریه بین دو شاخه اصلی آن یعنی دولت اسلامی عراق و شام به سرکردگی ابوبکر بغدادی و جبهه النصره به سرکردگی ابو محمد جولانی به اوج رسید.
درگیری ها از زمانی شروع شد که بغدادی القاعده در عراق و سوریه را با تشکیل دولت اسلامی عراق و شام ادغام کرد و خود را فرمانده القاعده در این دو کشور نامید، اما جولانی زیر بار نرفت. به هر صورت با حمایت مبلغان تندرو و عناصر جهادی افراطی بغدادی قویتر شد.
گرچه جولانی را بغدادی به سوریه فرستاد و وی جبهه النصره را از عناصر مسلح در عراق تشکیل داد و سپس با عضو گیری از عناصر تروریستی خارجی به قدرت رسید، اما مخالفت سرکرده النصره با بغدادی به این دلیل است که می گوید بغدادی برای ادغام این دو گروه سرکرده ارشد تشکیلات القاعده یعنی ایمن ظواهری هماهنگ نکرده است.
این مسأله باعث شد ایمن ظواهری با صدور بیانیه ای از بغدادی و جولانی انتقاد و ادغام القاعده در عراق و سوریه را به وقت دیگری موکول کند. ظواهری در این بیانیه اعلام کرد که بغدادی و جولانی هر دو مرتکب اشتباهاتی شدند که باعث به وجود آمدن چنین اختلافاتی شده است.
البته هنوز اختلافات این دو گروه به صحنه درگیری مسلحانه عمده نرسیده است به این دلیل که دولت اسلامی عراق و شام در شمال سوریه فعالیت می کند و جبهه النصره در جنوب.
منابع نزدیک به گروه های تروریستی می گویند دولت اسلامی عراق و شام به با هزینه جبهه النصره به قدرت رسیده است، به ویژه اینکه بسیاری از عناصر افراطی و تروریستی وفاداری خود را به بغدادی اعلام کردند و با وی بیعت کردند.
به گفته منابع مطلع، تمام این رویدادها باعث شده است که ایمن ظواهری بار دیگر میانجیگری کند. این بار وی با ارسال نامه ای به محمد جولانی از وی خواسته تا گروه نصره را زیر پرچم دولت اسلامی عراق و شام بیاورد و از ابوبکر بغدادی تبعیت کند.
اما این اختلافات به حدی شدت یافته است که احتمال وقوع درگیری‌های مسلحانه شدیدی را بین این دو گروه به وجود آورده است.