بلومبرگ بامداد جمعه به نقل از یک فرد آگاه که نامش فاش نشده است، خبر داد که یک هیات منصفه عالی در ایالت مریلند، بولتون را به دلیل در اختیار داشتن اسناد طبقه‌بندی شده تحت پیگرد قرار داد.
شبکه سی‌ان‌ان نیز به نقل از ۲ منبع آگاه این خبر را تایید کرد. بولتون پس از لتیشیا جیمز دادستان کل نیویورک و جیمز کومی مدیر سابق اف‌بی‌آی سومین منتقد رئیس جمهوری آمریکاست که تحت پیگرد قرار می‌گیرند.
اف‌بی‌آی در ماه اوت (مرداد) خانه بولتون در مریلند و دفتر او در واشنگتن را بازرسی کرد. یک منبع آگاه در آن زمان به ان‌بی‌سی نیوز گفت که این بازرسی‌ها بخشی از «تحقیقات امنیت ملی در جستجوی مدارک محرمانه» بوده است.
وکیل بولتون بارها در واکنش به این تحقیقات اعلام کرده است اسناد با علائم طبقه‌بندی شده که توسط بولتون نگهداری می‌شوند، به دوران دولت جورج دبلیو بوش یعنی زمانی که بولتون به عنوان سفیر ایالات متحده در سازمان ملل خدمت می‌کرد، مربوط بود و اساسا نمونه‌ای از اسنادی هستند که در دست یک کارمند قدیمی دولت نگهداری می‌شوند.
ترامپ پیش از این، بارها بولتون را که پس از ترک سمتش به منتقد صریح سیاست خارجی رئیس جمهور آمریکا به ویژه در امور مربوط به روسیه بدل شده بود، هدف انتقادات تند خود قرار داده و او را آدم «پست و نادان» خوانده است. وی چند روز پس از آغاز به کار دولت دومش در ژانویه ۲۰۲۵ (بهمن ۱۴۰۳) محافظان سرویس مخفی بولتون را لغو کرد.